La chiesa fu costruita come oratorio della confraternita degli Agonizzanti. Nell’archivio dei Brevi è conservato quello di Innocenzo XII con cui viene accordata alla suddetta confraternita la licenza di edificare il proprio oratorio in Piazza Pasquino. La confraternita degli Agonizzanti nacque come pio sodalizio nel 1616 con il titolo di Compagnia della Natività di Gesù Cristo. Inizialmente i confratelli si radunavano nella chiesa di Sant’Agostino, in seguito passarono alla chiesa di Santa Maria Maddalena. Dalla chiesa della Maddalena passò poi a quella di San Bernardo al Foro Traiano, quindi a Santa Maria a Campo Carleo, in seguito a San Salvatore in Primicerio, quindi a Santa Lucia della Tinta e a San Girolamo degli Schiavoni ove restò fino a quando, finalmente, fu in grado di costruirsi un proprio oratorio. (cfr. Paglia, Le confraternite e i problemi della morte, pp. 208-213).
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