Il 17 settembre 1575 Alessandro de’ Medici arcivescovo di Firenze e futuro Leone XI pone la prima pietra. Nel luglio del 1576 risultano costruite sei delle otto cappelle. Nel 1585 l’architetto Giacomo della Porta aggiunge alle precedenti la cappella dell’Assunta.
Nel 1591 è inaugurata l’abside. Nel 1594 vengono arretrate le cappelle laterali e costruite tre navate. Nel 1597 viene terminata la costruzione dell’altare con la traslazone delle reliquie dei santi martiri Papia e Mauro giunte dalla chiesa di Sant’Adriano in Vallicella per iniziativa dei cardinali Cusano e Baronio. Nel 1617 viene realizzata l’ultima cappella dedicata ai Magi.
Nel frattempo intorno al 1580 il cardinale Pier Donato Cesi acquista il monastero di Santa Elisabetta posto a destra della chiesa con l’intento di costruire un convento per i padri affidato all’architetto Martino Longhi.Descrizione: Dipinto ad affresco datato nel XV secolo raffigurante una madonna con bambino e angeli su falce di luna. Era in origine collocato all’esterno della chiesa sul muro di un edificio adibito a bagno pubblico situato nel luogo attualmente occupato dall’abside. Nel 1535 l’immagine venne colpita da un sasso lanciato da un giovane sacrilego e la madonna iniziò a sanguinare. In seguito all’evento prodigioso il dipinto fu trasportato nella chiesa, ma ben presto, dato lo stato di degrado in cui questa verteva, venne spostato nella sagrestia. Saranno Filippo e i suoi compagni a trovarla e a spostarla nell’anno 1576 nell’attuale cappella del Crocifisso. Nel 1580 venne collocata nella prima cappella di sinistra e infine nel 1608 posta sull’altare maggiore. L’immagine dal XVII secolo è protetta da una copia su rame e dal quadro con gli angeli adoranti entrambi del Rubens e viene scoperta solo nelle principali solennità. Entrata in uso: nell’anno 1535 Immagine: Dipinto Raccolta di ex voto: Dato non disponibile
Il primo documento che ricorda l’esistenza di una chiesa dedicata alla Vergine risale al pontificato di Eugenio III (1145-1153) e consiste in una concessione di indulgenze. Alla metà del ‘500 inizia un periodo di abbandono e di degrado della chiesa. Il 15 luglio 1575 Gregorio XIII dopo aver istituito la Congregazione dell’Oratorio, le affida la chiesa, già denominata Santa Maria in Vallicella, ridotta ormai in rovina e per metà interrata. L’architetto Matteo da Castello decise di demolirla e di ricostruirla.
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