Raccolta di ex voto: Dato non disponibile
La chiesa, già edificata alla fine dell’XI secolo (vedi scheda 20), assunse funzione di santuario a partire dall’anno della morte di Giovanni di Matha, fondatore dell’Ordine dei Trinitari. La fama di santità, la dedizione caritativa verso poveri ed ammalati nell’Ospedale da lui edificato presso la chiesa di San Tommaso in Formis, ne fecero un personaggio molto amato e venerato nella Roma bassomedievale. Anche la cella dove trascorse gli ultimi anni di vita, presso l’abbazia che faceva parte del complesso, divenne luogo di venerazione. All’interno della chiesa invece i fedeli potevano venerare il corpo. Lo spostamento dei Papi ad Avignone e lo scisma d’Occidente, portarono all’allontanamento dei trinitari da San Tommaso. Allontanamento attestato dopo l’elezione dell’Antipapa Clemente VII (1378-1392), alla quale aderì l’allora superiore di San Tommaso in Formis. I Trinitari riuscirono in seguito con alterne vicende a recuperarne il possesso per brevi periodi, ma il santuario cadde in rovina e fu tenuto aperto solo per la messa domenicale. Una tradizione tarda vuole che nel 1209-1210 quando Francesco d’Assisi venne a Roma per l’approvazione della regola, sia stato ospitato da Giovanni di Matha proprio in San Tommaso in Formis. Niccolò IV concesse un anno e quaranta giorni d’indulgenza ai fedeli che avessero visitato la chiesa nel giorno della festa di San Tommaso o nell’ottavario della SS. Trinità, con la bolla Loca Sanctorum del 31 ottobre 1290. La giurisdizione apparteneva al vescovo di Roma, il Papa.
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