Sotto il pontificato di papa Onorio (625-638) (stando alla Notitia Ecclesiarum) ovvero di Teodoro (642-649)(secondo il Liber Pontificalis), venne edificata una nuova basilica; gli scavi condotti da Apollonj Ghetti nell’area hanno mostrato che questo nuovo edificio insisteva su quello precedente, ma era di più vaste proporzioni e diviso in tre navate da colonnati con archi (forse 12 colonne per parte). Nell’altomedioevo venne costruita anche una cripta rettilinea che permetteva la vista della tomba del santo; alla cripta si accedeva dal presbiterio della chiesa, che venne opportunamente rialzato. Secondo Krautheimer e Apolloni Ghetti, la costruzione della cripta sarebbe stata opera di Onorio (o di Teodoro), ma questa posizione pare inaccettabile dal momento che le fonti parlano di un rifacimento radicale della chiesa all’epoca di questi due papi.Descrizione: L’oggetto del culto era la tomba del martire, da localizzare nella zona dell’abside della basilica. Sia il De Locis che la Notitia Ecclesiarum attestano espressamente che il corpo del santo era all’interno della chiesa (Valentini-Zucchetti, II, p. 73, p. 118). Entrata in uso: tra l’anno 337 e l’anno 352 Tipo: Oggetto del culto non classificabile come immagine o reliquia
Raccolta di ex voto: No

La prima attestazione del santuario risale al pontificato di Giulio I, il quale, secondo il Catalogo Liberiano, edificò una basilica quae appellatur Valentini al II miglio della via Flaminia. Nel catalogo di chiese e abbazie di Pietro Mallio e Giovanni Diacono (XII secolo), si menziona la chiesa di S. Valentino iuxta pontem (Valentini-Zucchetti III, p. 294). L’abbandono del santuario va presumibilmente collocato nel corso del XIII secolo: nel Catalogo di Torino (1313-1339 ca.) la chiesa è detta in rovina ed il santuario in disuso (ecclesia S. valentini sine muris non habet clerum)(Valentini -Zucchetti, II, p. 294). Nella passio inserita nei Gesta Maris et Marthae (Acta Sanctorum, Ianuarii, II, Parisiis et Romae 1863, p. 582), si dice che il martire, condannato alla decapitazione al tempo di Claudio il Gotico, venne sepolto nello stesso luogo nel quale era defunto, da una matrona di nome Savinilla. Orazio Marucchi (p. 126) ipotizza che il cimitero e la basilica di San Valentino dipendessero dal titulus urbano di San Lorenzo in Lucina (vedi bibliografia). Da un’iscrizione dell’epoca di Giovanni IX (898-900) custodita nel portico di Santa Maria in Cosmedin, si apprende dell’esistenza di un monastero presso la chiesa di San Valentino. In una bolla di Agapito II del 955 si conferma il possesso di tale monastero alla chiesa di San Silvestro in Capite.

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